WT1 and DEK-associated missplicing in acute myelogenous leukemias (AML)
Anomalies d'épissage dans les leucémies aigues myéloblastiques : rôle de WT1 et de DEK et impact clinique
Résumé
Approximately one-third of expressed genes are misspliced in AML, opening the possibility that additional factors than splicing factor mutations might cause RNA missplicing in these diseases. We performed exon-array analysis and exon-specific PCR (ESPCR) to identify specific landscapes of exon expression that are associated with DEK and WT1 oncogene expression and the resistance of AML cells to AraC, doxorubicin or azacitidine. More than 70% of AEUs identified by exon-array were technically validated through ESPCR. In vitro, 1,130 to 5,868 exon events distinguished the 5 conditions from their respective controls while in vivo 6,560 and 9,378 events distinguished chemosensitive and chemoresistant AML, respectively, from normal bone marrow. Whatever the cause of this effect, 30 to 80% of mis-spliced mRNAs involved genes unmodified at the whole transcriptional level. These AEUs unmasked new functional pathways that are distinct from those generated by transcriptional deregulation. Having identified aberrant TET2 exon 2 and ABCA3 exon 19 expression in, we tested their prognostic impact In a discovery cohort (n=99), TET2 exon 2 skipping (TET2E2S) was found positively associated with a significant reduction in the cumulative incidence of relapse (CIR). Age, cytogenetics, and TET2E2S were independent prognostic factors for disease-free survival (DFS), and favorable effects on outcomes predominated in cytogenetic normal (CN)-AML and younger patients. Using the same cutoff in a validation cohort of 86 CN-AML patients, TET2E2Shigh patients exhibited a significantly lower CIR (p<10-4). TET2E2S and FLT3-ITD, but not age or NPM1 mutation status were independent prognostic factors for DFS and eventfree survival (EFS), while TET2E2S was the sole prognostic factor that we identified for overall survival (OS). In both the intermediate-1 and favorable ELN genetic categories, TET2E2S remained significantly associated with prolonged survival. Regarding ABCA3, we found that skipping of exon 19 (A3S19) triggered resistance to daunorubicine and VP16 in vitro. However such skipping did not significantly modify drug efflux, when compared with wild-type ABCA3. At the clinical level, A3S19 was found negatively correlated with response to IC, OS, DFS, and EFS, independently of age, cytogenetics, FLT3-ITD, and NPM1 mutation. AS19 improved the European LeukemiaNet Risk Classification of AML whereas it possessed no prognostic impact in patients unfit for IC
Parmi les nombreuses perturbations participant à l'hétérogénéité bioclinique des leucémies aiguës myéloïdes (LAM), les anomalies d'épissage ont récemment pu être identifiées grâce au développement des techniques de microarray et du séquençage à haut débit. Après une revue bibliographique abordant les possible mécanismes et conséquences des perturbation de l'épissage dans les LAM, nous avons dans un deuxième article, analysé les patrons d'épissage associés à l'expression d'oncogènes connus pour interférer avec le splicéosome, l'ARN et la chromatine, ainsi qu'à la résistance aux principales drogues utilisées dans la prise en charge des LAM. Nos résultats identifient des signatures spécifiques et originales, de nombreux évènements concernant des gènes non dérégulés au plan transcriptionnel. Parmi ces perturbation nous avons, dans une troisième étude, évalué l'impact clinique d'une perturbation d'épissage de l'ARN messager de TET2. Les résultats montrent que l'exclusion de l'exon 2 de TET2 défini un facteur pronostic indépendant chez les malades traités par chimiothérapie intensive, en particulier chez les patients au caryotype normal. La dernière étude aborde l'impact des anomalies d‘épissage du transporteur ABCA3 identifiées dans les LAM. In vitro nous trouvons que l'exclusion de l'exon 19 d'ABCA3 favorise la résistance à la daunorubicine et au VP16. Paradoxalement, alors que la résistance liée à cette exclusion d'exon dépasse significativement celle liée à l'expression de la forme sauvage d'ABCA3, l'effet de l'isoforme sans exon 19 sur la rétention cellulaire de daunorubicine apparaît significativement inférieur à celui de l'ABCA3 sauvage. Au plan bioclinique, l'exclusion de l'exon 19 d'ABCA3 réduit les chances de rémission et défini un facteur pronostic indépendant chez les malades traités par chimiothérapie intensive, en particulier chez les patients au caryotype normal
Domaines
Cancer
Origine : Version validée par le jury (STAR)